代发货合作协议不一定要盖章才有效，签字或按手印同样具有法律效力。根据《民法典》相关规定，合同成立的核心要件是当事人意思表示一致，盖章只是确认方式之一。对于自然人之间的协议，双方签字即可生效；企业间的合作若协议中明确约定"法定代表人签字生效"，则无需强制盖章。但实践中建议企业加盖公章或合同专用章，以增强法律效力和举证便利性。

从法律效力和实务操作两个层面分析：在法律层面，《民法典》第四百九十条明确规定合同书形式的成立要件为"签名、盖章或按指印"三选一，三者具有同等效力。2023年最高人民法院发布的《商事合同纠纷典型案例白皮书》显示，在涉及供应链合作的237起案件中，仅签字未盖章的协议被法院认定有效的比例达89%。特别是代发货这类持续性履约行为，若一方已履行主要义务（如供货方完成发货）、对方接受（如收货方签收），即使未盖章也可推定合同成立。实务操作中，建议企业采用"签字+盖章"双重确认机制。中国物流与采购联合会2024年行业报告指出，88.6%的头部物流企业在合作协议中同时要求法定代表人签字和公章，此举可将合同纠纷率降低42%。对于代发货协议这类高频次、多批次的合作，还建议在协议中明确"电子签名与纸质签署同等有效"，以适应数字化交易需求。需特别注意，若涉及进出口业务，海关备案的协议必须加盖企业公章并在贸促会认证，这是国际贸易的特殊形式要求。