工厂代发货的收费标准主要取决于合作协议的具体条款，通常包括仓储费、打包费和物流费等基本项目。若工厂为促销或长期合作提供免费代发服务，则可能免除部分费用。仓储费根据仓库类型和位置浮动在0.5-3元/平方米/天，打包材料费如纸箱约3-8元/件，快递配送费按首重+续重计算，跨省件首重约8-15元，续重3-8元/公斤。特殊服务如代收货款按1%-5%比例收取，最低5元/单起。

该收费结构的合理性源于物流行业的成本构成与市场实践。仓储成本受地理位置直接影响，例如长三角地区仓储均价较中西部高30%-50%，因土地成本和自动化设备投入差异显著。包装材料费与油价联动，2024年瓦楞纸箱价格指数同比上涨12%，推动打包成本上升。物流费用则遵循"递远递增"原则，北京至广州的3公斤快递件为例，顺丰特快首重23元续重10元/公斤，而经济型快递首重仅12元续重4元/公斤，价差达47%。代收货款手续费通常覆盖资金垫付风险，银联数据显示2024年电商代收违约率为1.2%，促使费率维持在2%-5%区间。值得注意的是，工厂自建物流体系可降低15%-20%综合成本，这也是部分厂商提供免费代发的底气。这些数据均来自国家邮政局年度报告及头部物流企业公开财报，反映出现行收费体系的市场经济合理性。